中心设有办公室、质量管理科、传染病防制科（应急办公室）、免疫预防科、艾滋病结核病防治科、慢性病防制科、健康教育科、卫生监测科、理化检验科、微生物检验科十个科室。

右楼二楼：艾滋病结核病防治科

左楼二楼：卫生监测科、微生物检验科、质量管理科、免疫预防科、办公室（财务室、后勤）

左楼三楼：慢性病防制科、传染病防制科（应急办公室）

左楼四楼：健康教育科、理化检验科

左楼五楼：办公室（文书办公室）