负责机关和直属单位干部人事管理、机构编制等工作。指导系统队伍建设和农业农村水利人才队伍建设。负责本系统干部职工心理健康关爱工作。承担水利体制改革的有关工作。负责离退休干部服务管理工作。负责农业水利行业社团管理工作。承担推动农业水利科技体制改革及相关体系建设、技术研发、成果转化、技术推广工作，监督管理农业转基因生物安全。承担推动农业绿色发展有关工作。指导农用地(除林地、草地)、农业生物物种资源及农产品产地的环境保护和管理。负责农村可再生能源开发利用、节能减排、农业清洁生产和生态循环农业建设。承担外来物种管理相关工作。负责农业教育和职业农民培育。组织编制水利科技发展规划。承办对外交流工作。负责水利信息化工作。